L'année est 1960 et le personnage du joueur, Jack, est à bord d'un avion traversant l'océan Atlantique. Cependant, les choses tournent mal et l'avion s'écrase. Jack a de la chance et se retrouve à l'extérieur d'un phare. Mais ce n'est pas un phare ordinaire. Il mène à Rapture, une ville utopique sous-marine construite par le magnat Andrew Ryan. Il ne faut pas longtemps avant que Jack soit contacté par un homme appelé Atlas qui lui offre son soutien.