Birth by Sleep est un jeu de rôle d'action qui introduit un aspect de gameplay appelé le Système de Commande, permettant aux joueurs de personnaliser un Deck de Commandes avec des techniques et des capacités qu'ils peuvent exécuter à volonté, appelées Commandes de Deck. Effectuer des attaques ordinaires et des Commandes remplit une jauge affichée au-dessus du deck de commandes qui, lorsque certaines conditions sont remplies, active un Style de Commande qui remplace la commande d'attaque de base du joueur par la commande "Surge", permettant d'enchaîner des combos puissants selon le Style de Commande activé. Remplir la jauge avec certaines conditions une deuxième fois permet au personnage de passer à un Style de Commande de niveau encore plus élevé, qui remplace la commande "Surge" par la commande "Storm" encore plus puissante.