Comme dans les précédents jeux Professor Layton, Unwound Future est un jeu d'aventure où le joueur résout des énigmes proposées par les citoyens locaux pour faire progresser l'histoire, à travers des dialogues et environ 32 minutes de vidéo en plein mouvement. Le joueur se déplace dans le jeu à travers des images fixes de lieux. Le joueur peut utiliser l'écran tactile de la DS pour taper sur des personnages non-joueurs afin de commencer un dialogue ou d'obtenir une énigme, et peut également chercher partout dans le décor des pièces de monnaie indice, certaines zones nécessitant d'être tapées plusieurs fois pour révéler une pièce de monnaie indice secrète ou une énigme. Les énigmes sont des casse-têtes de diverses variétés, y compris visuels, mathématiques et logiques. Il n'y a pas de limite de temps pour résoudre les énigmes, et le joueur peut obtenir jusqu'à 3 indices au coût d'une pièce de monnaie indice chacun ; une nouvelle fonctionnalité dans Unwound Future est un "super indice", coûtant 2 pièces, qui ne peut être acheté qu'après que les 3 autres indices ont été révélés, mais qui révèle presque la solution de l'énigme. Si le joueur résout correctement l'énigme, il gagne un certain nombre de "Picarats", une forme de monnaie dans le jeu. Deviner la mauvaise réponse réduira le nombre de picarats que le joueur peut obtenir lors des tentatives suivantes. Les joueurs peuvent visiter certaines zones pour jouer à des énigmes non découvertes ou non résolues qui sont laissées derrière au fur et à mesure que l'histoire progresse.