Durant la Seconde Guerre mondiale, en Allemagne. Kurt Gerstein, médecin en poste à l'institut d'hygiène de la Waffen SS, devient le superviseur de l'approvisionnement en gaz Zyklon B des camps de la mort nazis. De passage à Auschwitz, il découvre, horrifié, la terrible réalité des chambres à gaz. Chrétien convaincu, il décide de porter témoignage, de se faire « espion de Dieu » pour alerter la communauté diplomatique internationale. Aidé par un jeune prêtre italien, il tente surtout de prévenir le Vatican, certain alors de pouvoir stopper ces trains qui alimentent chaque jour les camps en milliers de vies humaines. Inlassablement, jour après jour, sans se décourager, au péril de sa vie, Gerstein poursuit son entreprise de dénonciation, accumulant les documents et les preuves matérielles, s'enfonçant dans le double jeu et le désespoir…