Tout commence alors que Kogoro, Ran, Conan, les détectives Boys et Haibara sont invités à une soirée d'inauguration d'un jeu vidéo virtuel appelé "Cocoon". Sonoko dont le père a participé à l'élaboration du jeu est aussi présente. Lors de cette soirée, les enfants de ceux qui auront participé à la création du jeu pourront le tester. Conan reçoit le badge d'entrer à la démo par le professeur Agasa qui avait aussi participé à la création de Cocoon avec Yusaku Kudo, le père de Shinichi. A la grande surprise de Conan, les détectives Boys et Haibara ont réussi à obtenir des badges. Alors que tout les enfant sont sur le point d'entrer dans les capsules qui permettent d'entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan.