Joe Higan est un Nukenin, un ancien ninja qui a fui les extrêmes violences de son clan et se cache désormais avec sa famille dans la campagne américaine. Mais disparaître aux yeux d’une organisation aussi dangereuse n’a rien d’un jeu d’enfant. Un soir, un groupe d’assassins envoyé par le clan s’attaque à mort à Joe et ses proches pour avoir trahi leur ancien code d’honneur. Laissé pour mort, l’ancien ninja déserteur se relève finalement de ses blessures et décide de reprendre son ancien nom « Ninja Kamui », pour venger les siens en affrontant une bonne fois pour toutes ceux qui étaient autrefois ses frères d’armes. Assassins surentraînés, cyborgs de combat, ninjas rivaux : pour mettre à bien sa vendetta, il devra tous les éliminer.