Deux ans se sont écoulés depuis le raid du CCG sur Anteiku. Bien que l'atmosphère à Tokyo ait radicalement changé en raison de l'influence accrue du CCG, les goules continuent de poser un problème car elles ont commencé à faire preuve de prudence, en particulier l'organisation terroriste Aogiri Tree, qui reconnaît la menace croissante du CCG pour leur existence.