Deus Ex : Mankind Divided suit directement les suites de l'incident d'août, un jour où des citoyens du monde entier augmentés mécaniquement ont été privés du contrôle de leur esprit et de leur corps, entraînant la mort de millions d'innocents. Nous sommes en 2029 et l'âge d'or des augmentations est terminé. Les humains augmentés mécaniquement ont été considérés comme des parias et séparés du reste de la société. La criminalité et les actes de terrorisme ne font que masquer une conspiration globale visant à contrôler l'avenir de l'humanité...