Lorsque nous avons quitté Tris et Tobias dans le premier tome, ils avaient sauté dans le train avec Caleb, Marcus et Peter. C’est donc ici que nous les retrouvons dans ce deuxième volet. Ils cheminent vers la Clôture, et, plus particulièrement, vers le siège des Fraternels. Lorsqu’ils arrivent dans l’enceinte de cette faction, c’est la leader Johanna Reyes qui les accueille. Tris est fascinée de voir avec quelle facilité elle s’adapte aux coutumes des différentes factions afin de les saluer. Puis, elle leur fournit une chambre pour la nuit et leur indique que les Fraternels prendront une décision les concernant le lendemain. Epuisés, les membres du petit groupe rejoignent chacun leur chambre, et Tris en profite pour cacher le disque dur dans la pièce.
Le jour suivant, Tris retrouve Suzanne, son ancienne voisine. Celle-ci lui propose de la coiffer et, avec son accord, elle natte ses cheveux. Cependant, une fois que son amie est sortie de la pièce, Tris s’empare d’une paire de ciseau et coupe ses cheveux à la garçonne car elle ne supporte plus de voir son reflet dans le miroir. Cette image d’elle-même lui rappelle trop sa mère et leurs moments de complicité, notamment lorsque la défunte coupait les cheveux de sa fille. Une fois que cela est fait, elle rejoint ses amis qui attendent que les Fraternels délibèrent. A la demande de Johanna, ceux-ci se réunissent, puis, ils se scindent en petits groupes en fonction de leurs opinions. Ensuite, ils discutent, et des groupes se rejoignent. Ils réitèrent l’opération jusqu’à ce qu’il n’y ait plus qu’un groupe et qu’ils soient donc tombés d’accord. C’est une tradition chez eux, toutes les grandes décisions doivent être prises d’un commun accord. Et, en ce qui concerne nos héros, ils décident d’autoriser leurs invités à rester chez eux, mais ils fixent plusieurs conditions telles que l’interdiction de se battre, sous peine de devoir partir. Alors, même s’ils ont trouvé un abri, Tris et Tobias sont persuadés que l’accalmie ne sera que de courte durée.
Peu de temps après, Tris espionne Johanna et Marcus qui discutent dans les jardins. Elle apprend que le leader Altruiste est au courant de certaines choses secrètes qu’il refuse de partager avec son interlocutrice. Et il se justifie en lui disant que de nombreux leaders de la ville sont morts pour protéger cette information. Tris fait part de sa découverte à Tobias qui pense que Marcus a menti pour se donner de l’importance. Sa haine envers son père l’empêche d’être objectif, alors il lui dit de remettre la recherche de la vérité à plus tard. Elle acquiesce mais n’est pas convaincue.
Le lendemain, Marcus vient leur annoncer que le groupe d’Altruistes qui s’était réfugié chez les Fraternels a décidé de partir et il leur demande de les escorter. Tobias et Tris acceptent, voyant ici une opportunité de lever le camp. Puis, Tris prend Marcus en filature dans le but de lui parler seul à seul. Elle lui apprend qu’elle a entendu sa conversation de sa veille avec Johanna et lui demande si son père fait partie des personnes mortes pour protéger l’information, question à laquelle il répond par l’affirmative. Elle est plus que jamais déterminée à lui tirer les vers du nez concernant ce secret funeste, mais il s’obstine et refuse de lui délivrer la moindre information. A court d’arguments, elle lui propose de l’aider. Il refuse et lui fait remarquer l’absurdité de sa proposition. Elle retourne alors à sa chambre et a la mauvaise surprise de découvrir que Peter s’y est introduit. Ce dernier s’est emparé du disque dur qu’elle avait dissimulé derrière un meuble. Elle s’énerve, essaie de le frapper et ils se battent. Or, l’une des conditions posées par les Fraternels pour leur permettre de rester chez eux était de ne pas se battre. En conséquence, ils devront partir, mais pas aussitôt. En réaction immédiate, ils administrent un puissant sédatif à Tris qui n’est donc plus dans son état normal. Et Quatre a la mauvaise surprise de se retrouver face à une jeune fille très joyeuse qui glousse à la moindre occasion. Etonné et énerve de cet étrange changement de comportement, il se rend auprès de Johanna pour savoir ce qu’ils ont fait à sa petite amie. Elle lui avoue que tout ceci est dû à un sérum, qui est habituellement incorporé dans les petits pains que mangent les Fraternels afin de faire régner la paix chez eux, mais que la dose administrée à Tris était trop forte. Puis, elle leur annonce qu’ils vont devoir partir puisqu’ils ont violé les conditions de l’accord. Mais ce n’est pas un problème puisqu’ils avaient déjà pris cette résolution en acceptant d’escorter les Altruistes. Cependant, leur départ va être précipité car des Erudits s’introduisent chez les Fraternels. Tris court dans sa chambre et détruit le disque dur (qui contenait le programme de simulation d’attaque). Les réfugiés essaient d’abord de se fondre dans la masse en s’habillant et se comportant à la manière de leurs hôtes. Puis, n’y tenant plus, Tobias attaque. Dans la panique générale, les Altruistes et nos héros s’enfuient à toutes jambes, mais ils se font tirer dessus par leurs ennemis et beaucoup perdent la vie. Tris, Tobias, Caleb et Suzanne réussissent à s’enfuir ensemble, incertains du sort du reste du groupe altruiste. Ils se retrouvent dans la nuit à longer les rails pour ne pas se perdre. Soudain, le train arrive, alors ils montent dedans. Quelle n’est pas leur surprise de se retrouver entourés de Sans-Factions ! L’un d’eux prend la parole, et il se trouve qu’il s’agit d’Edward (le garçon à qui Peter avait crevé un œil). Ils sont d’abord hostiles au groupe qui s’est introduit dans leur wagon et qu’ils veulent jeter du train, mais, à l’entente du nom de famille de Tobias ils sont stupéfaits et baissent les armes. Ils décident de les emmener avec eux à l’endroit où ils vivent et de leur présenter quelqu’un qui sera heureux de les voir. Arrivés au refuge des Sans-Factions, ils font la rencontre d’Evelyn qui est la mère de Tobias ! Cette dernière n’est donc pas morte ! Et elle leur apprend que les Sans-Factions sont deux fois plus nombreux que les Audacieux, ce qui leur donne un certain poids qui pourrait leur être utile par la suite.
Suzanne et Caleb, après avoir appris qu’un groupe d’Altruistes se trouvait dans l’un des refuges des sans-factions, décident de les rejoindre. Malgré la proposition de son frère, Tris refuse de se partir avec eux et préfère demeurer auprès de Tobias. D’ailleurs, ils ne restent pas bien longtemps sur place non plus puisqu’ils partent au siège des Sincères car les Audacieux qui ne se sont pas joint aux traitres Erudits se sont réfugiés là-bas.
A leur arrivée, ils sont emmenés car les soldats ont reçu l’ordre de les arrêter. La justification à cette arrestation automatique est qu’ils ont vu Tobias mener l’opération sur les images vidéo de l’attaque. Ils doivent donc être soumis à un interrogatoire sous sérum de vérité afin de déterminer s’ils sont fiables ou non. En se rendant à cet « interrogatoire public », notre héroïne rencontre son amie Christina qui pense lui apprendre la mauvaise nouvelle de la mort de Will, et Tris s’en veut de plus en plus de l’avoir tué. D’ailleurs, à la fin de l’interrogatoire, elle doit dire quel est le choix qu’elle regrette le plus, et bien qu’elle puisse résister au sérum de vérité, elle avoue que c’est d’avoir tué Will pour sauver sa peau. Sa meilleure amie ne peut pas lui pardonner et refuse de lui parler à partir de maintenant. Mais, malgré la perte de cette amitié, notre duo est innocenté et ils peuvent disposer librement de leur personne. Étant libres, ils peuvent se déplacer librement dans les locaux des Sincères, et ils retrouvent avec joie leurs anciens camarades Uriah et Lynn.
A la suite de tout cela, Tobias reproche en douceur à Tris de ne pas lui avoir dit pour Will. Celle-ci inverse la situation et le blâme pour son soit-disant projet de rejoindre les Sans-Factions du jour au lendemain (cependant, il n’a jamais pris une telle décision). Puis, un peu honteuse de son comportement, elle finit par s’excuser, mais quelque chose est cassé entre eux.
Il devient nécessaire de trouver un endroit où dormir, et Lynn s’occupe de trouver une couchette à Tris. Elle lui présente son frère, Hector, au passage, et sa grande sœur Shaune. Et elles retrouvent Marlene dans le dortoir des Audacieux. D’ailleurs, Uriah est aussi de la partie. Le petit groupe ainsi réuni se met en tête d’espionner les Erudits et pour cela ils rejoignent Lauren à la tour à partir de laquelle ils avaient fait de la tyrolienne. En revenant, ils doivent faire face à une attaque surprise des Erudit dont les armes lancent des rayons bleus qui pétrifient tout le monde. Tout le monde ? Non, pas les Divergents. C’est ainsi que Tris découvre que son ami Uriah est, lui aussi, un divergent. Ils se rejoignent et décident de se déguiser grâce aux vestes des quelques traitres couchés à terre. Ils tentent ainsi de passer inaperçus pour essayer de prévenir les personnes se trouvant dans les étages de l’arrivée des Erudits afin de les sauver. Tris se dirige donc vers le premier étage tandis qu’Uriah s’occupe du deuxième. Notre héroïne découvre qu’Éric, un de ses anciens mentors Audacieux, se trouve parmi les traitres. En fait, ils traquent les divergents se trouvant dans l’enceinte des Sincères et les réunissent tous au même endroit. Tris et Uriah finissent par se faire attraper et conduire avec les autres. Éric annonce aux divergents alignés devant lui qu’il ne doit en ramner que deux d’entre eux et tuer les autres. Il commence par exécuter un gamin, ce qui pousse Tris à agir et à lui sauter dessus avec son couteau. Elle réussit à le blesser et Uriah en profite pour attaquer les autres gardes. C’est à ce moment que les Audacieux qui se trouvaient dans les étages supérieurs débarquent et participent à la contre-attaque. Il était temps car Tris est tétanisée et qu’elle ne peut toujours par tenir une arme à feu (car la mort de Will l’a beaucoup trop perturbé).
Si les Audacieux ont pu venir à leur secours, c’est grâce à Cara, la sœur de Will, qui les a prévenus. Elle est arrivée avec les Erudits lors de l’attaque, mais elle leur a faussé compagnie dans le but d’avertir les habitants et de les sauver.
Après l’attaque et la retraite des Erudits, tous ceux qui ont été attaqués se rendent compte que les lasers bleus n’en étaient pas et qu’on leur a, en fait, injecté de drôles d’aiguilles dans le corps. Alors qu’ils s’interrogent sur le but des injections, et ils finissent par deviner que ce sont des transmetteurs longue durée et que Jeanine risque de pouvoir faire ce qu’elle veut d’eux. Par ailleurs, Eric n’a pas été tué pendant l’attaque, alors les Sincères décident de lui prodiguer des soins.
Au sein du domaine des Sincères, Tris et Tobias retrouvent Marcus, Caleb et Peter. Une réunion générale a lieu, et le leader Sincère demande aux divergents de se manifester. On découvre alors que Marcus en fait partie. Le leader sincère annonce à tout le monde qu’il souhaite négocier la paix avec Jeanine, et les réfugiés n’ont pas leur mort à dire s’ils souhaitent rester ici. Dans le même temps, Tori et Zeke, que certains ont pris pour des traitres, refont leur apparition. Tori est blessée, et Zeke la soutient. On apprend qu’ils étaient en fait des agents doubles et qu’ils ont dû s’enfuir parce qu’ils avaient été repérés.
Après l’annonce du leader Sincère, la petite troupe de Tris et Tobias prend la décision d’aller espionner la rencontre de négociation de paix qui aura lieu plus tard. En attendant, ils déjeunent au réfectoire et les remarques fusent. Chacun y va de son petit mot pour qualifier Tobias de lâche et l’humilier à cause du traitement que lui faisait subir son père quand il était plus jeune. Alors, il se lève, se précipite vers la table où se trouve son père et le frappe devant tout le monde. On apprendra plus tard que c’était pour se montrer digne d’être leader, pour prouver qu’il était courageux. Une fois l’incident passé, c’est le moment d’espionner la rencontre entre le leader Sincère et Max. Contre toute attente, ce dernier annonce à son interlocuteur qu’il n’est pas en position de négocier. Echauffée par la situation, Lynn sort de sa cachette et tire sur Max. On voit alors trois personnes s’enfuirent au loin, dont Jeannine. Une partie du groupe la prend en chasse. Mais, Peter est avec elle et il les menace de son arme. C’est à ce moment qu’ils entendent un hurlement, ce qui les pousse d’autant plus à faire demi-tour et à rejoindre le reste de leur groupe. Shauna étant blessée, ils se rendent en vitesse chez les Sincères afin qu’elle soit soignée. Désormais, elle ne pourra plus marcher.
Pendant que Shauna se fait soigner, les autres vont discuter avec Tori. Une réunion des Audacieux est mise en place et ils décident d’élire de nouveaux leaders puisque les anciens sont tous morts. Tori est choisie, Tris est proposée mais elle refuse de devenir leader, au profit de Tobias. Et, un troisième Audacieux est désigné (mais ce n’est pas un personnage que l’on rencontrera à nouveau dans l’histoire). Les nouveaux leaders étant désignés, ils vont maintenant pouvoir décider du sort d’Eric. Il sera exécuté. Et, à la demande de ce dernier c’est Tobias qui lui tirera une balle dans la tête/ Cette demande a été faite dans le but de jouer avec les émotions de Quatre, mais il n’a pas cillé et l’a tout de même abattu. Puis, les Audacieux décident qu’il est temps de rentrer chez eux, alors ils quittent l’enceinte des Sincères. Une fois de retour dans leur ancien foyer, ils recouvrent toutes les caméras de peinture.
Le soir même, Tobias demande à Tris de l’accompagner à un rendez-vous. Ils rejoignent Evelyn et Edward pour discuter d’une alliance, et ils se mettent d’accord. Lorsque les deux amoureux repartent, un conflit concernant les parents de Tobias éclate entre eux. Tris ne fait pas confiance à Evelyn et souhaite interroger de nouveau Marcus, ce à quoi s’oppose catégoriquement Tobias.
Dans la nuit, Tris est réveillée par Christina qui l’emmène avec elle sans souffler mot. En fait, il y a une simulation qui ne touche que trois personnes dont Marlene et Hector. Ils sont contrôlés et disent que c’est un avertissement et que ça se reproduira tous les deux jours jusqu’à ce que l’un des divergents se livre au siège des Erudits, puis, sans crier gare, ils sautent du toit. Les filles ne parviennent qu’à sauver Hector et la troisième personne, qui est une petite fille.
Devant l’horreur de la situation, Tris prend la décision de se rendre.
Christina, après avoir vu tout ça, vient la voir et lui dit qu’elle lui a pardonné pour Will et qu’elle comprend désormais qu’elle n’avait vraiment pas le choix.
Par la suite, Tobias dit à Tris de ne pas prendre sa décision avant qu’ils en aient discuté. Elle acquiesce, mais elle est déjà déterminée à partir. Il le sait et tente de la convaincre de ne pas le faire. Alors, elle lui jure qu’elle n’ira pas, mais elle se rendra quand même chez les Erudits avec le concours de Christina. Elle va mentir à cette dernière et lui dira qu’elle va seulement voir son frère et qu’elle voulait prévenir au moins une personne avant de partir. Mais, elle se rend au siège des Erudits et est mise en cellule par Peter. Jeanine vient lui parler au bout d’un moment et l’emmène dans une pièce avec des machines. C’est là qu’elle lui annonce qu’ils vont l’étudier, puis l’exécuter sur la table se trouvant dans la pièce.
Un jour qu’elle vient de passer des tests et qu’elle retourne à sa cellule, Tris croise Tobias qui est emmené par deux gardes. Il est blessé.
Tris subit de nouveaux tests, et Tobias est amené dans la même pièce qu’elle cette fois-ci. Elle se retrouve dans un cauchemar horrible, elle souffre, puis se réveille. Tobias accepte alors d’aider Jeanine et il est ramené dans sa cellule. Tris, qui est toujours là, apprend par Jeanine que son frère l’a aidé. Elle n’en revient pas d’apprendre que son frère est un traitre.
Quand elle se réveille, elle est dans sa cellule et Peter est là pour l’escorter à la salle de bain. Dans le couloir, elle croise Tobias qui fait semblant de s’affaisser, les gardes sont surpris, et il en profite pour les frapper et emmener Tris avec lui. Il ne cherche pas à s’échapper, mais il lui explique son plan. Il est ici pour localiser les deux salles de contrôle et pour vérifier qu’elle va tenir le coup car ils ont un plan. Ils vont donner l’assaut, « ils » signifiant les Sans-factions, les Audacieux et les Altruistes.
Ils sont finalement rattrapés et remis en cellules séparées.
Plus tard, Caleb est là pour une nouvelle expérimentation sur sa sœur. Ils parlent avant que Jeanine n’arrive. Il lui dit que le problème concerne ce qui se passe à l’extérieur de la Clôture.
Peter vient dans sa cellule pour lui annoncer que son exécution a été avancée au lendemain et que Jeanine a choisi Tobias à sa place pour les expériences. Elle est alors envahie par la peur et l’angoisse. Lorsqu’elle passe dans le couloir, Tobias hurle qu’il veut la voir, mais cela leur est interdit.
Le lendeamain, c’est Peter qui lui injecte le sérum censé la tuer, et il prononce les mêmes mots que ceux prononcés par Tobias la première fois qu’il a déclenché une simulation pour Tris. Cela lui parait étrange, mais elle ne comprend pas, elle ne fait pas le lien. En fait, il ne l’a pas tué, mais a assez ralenti son rythme cardiaque pour que tout le monde y croit. Il y a une alliance entre Tobias et Peter et ce dernier a libéré le prisonnier. Ils s’enfuient tous les trois et se réfugient dans l’ancienne enceinte des altruistes où ils retrouvent leurs amis, ainsi que les Sans-Factions.
Marcus vient trouver Tris et lui apprend que personne ne vient de cette ville et que Jeanine a tout fait déraper en refusant de faire ce qu’ils sont censés faire. Et après ces paroles mystérieuses, il lui dit qu’elle peut faire quelque chose, qu’elle peut l’aider.
Les explications du plan d’attaque des Erudits sont donnés et les groupes formés. Tris est dans le groupe de Tobias en principe, mais elle feint de ne pas vouloir risquer sa vie, surtout qu’elle ne peut plus tenir une arme. Tobias lui affirme donc qu’elle a tout à fait le droit de ne pas vouloir attaquer avec eux et qu’elle n’a qu’à rester ici en attendant. Cependant, lorsqu’ils partent à l’assaut, elle rejoint Marcus avec Christina. Et, ils se rendent tous les trois à la Clôture afin de pénétrer chez les Fraternels. Ils retrouvent Johanna Reyes, ils veulent des informations. La leader Fraternelle annonce à la communauté le danger imminent et leur demande de faire un choix. Ils optent pour la neutralité, alors Johanna quitte sa faction, refusant de ne rien faire. Quelques Fraternels la suivent, mais ils sont peu nombreux.
Avant de repartir, ils passent la nuit chez les Fraternels, et ils en profitent pour demander de l’aide à Cara et Fernando, un de ses amis. Ces derniers décident de se joindre à eux, et ils partent tous ensemble en ville. L’attaque a commencé et le groupe tente de rejoindre le siège des Erudits sans se faire tirer dessus. Leur but est de récupérer les données que les Sans-Factions veulent détruire car ils ont une importance capitale. Sur leur route, ils rencontreront Caleb qui voudra les en empêcher en disant que ce qu’ils veulent révéler va tout changer pour leur société. Mais ils refusent de l’écouter et l’assomment. Le groupe se sépare de différentes façons et Tris se retrouve seule dans une pièce, et face à son sosie qui agit comme un miroir. Elle se bat donc avec elle-même et réussit à arriver dans l’autre pièce, celle où se cache Jeanine. Tori est déjà là car elle veut venger la mort de son frère. Cependant, Tris veut empêcher Tori de la tuer, mais elle échoue. Elle n’aura réussi qu’à s’attirer les foudres de la nouvelle leader Audacieuse qui ordonne qu’elle soit conduit avec les autres criminels de guerre. Elle est donc conduite avec les prisonniers et retrouvent Cristina, Caleb et Cara. C’est là que Lynn, qui est mortellement blessée est amenée elle aussi. Elle va mourir quelques minutes après avoir fait comprendre à Uriah que, comme lui, elle était amoureuse de Marlene.
Puis, une Evelyn triomphante annonce que le système des factions est terminé. Alors, c’est la panique générale et tout le monde se rend compte que les armes sont aux mains des Sans-Factions. Au même moment, Tobias rejoint Tris et lui dit qu’elle avait raison. C’est à ce moment qu’une vidéo démarre : l’information qui va tout changer. Une jeune femme apparait à l’image, elle se présente et leur décrit un monde où les hommes ont une cruauté sans bornes. Elle affirme qu’ils ont décidé de se battre contre la nature humaine. C’est pour cette raison qu’ils ont décidé de les isoler et de structurer une nouvelle société sur le modèle des factions. Puis, elle leur annonce que ces images sont diffusées parce que l’heure est venue de les aider en retour. Selon elle, beaucoup de ceux qui visionnent ces images ont désormais l’esprit plus flexible que la moyenne. La portail va donc s’ouvrir pour en finir avec l’isolement. Pour conclure, elle leur dit qu’elle s’apprête à rejoindre leurs rangs sous le nom d’Edith Prior. La vidéo s’arrête. Tous se mettent à crier.
