Les frères Elric sont de retour à Central City accompagnés de Winry, leur amie d'enfance, et de Lin, un mystérieux visiteur en provenance de la lointaine contrée de Xing. Ils découvrent avec douleur que la ville est le théâtre d'un complot terrible impliquant les plus hautes instances de l'armée. Le colonel Mustang et son équipe, au cœur de la tourmente, tentent de démêler le fil de la vérité ; même si pour cela, ils risquent de tout perdre. Militaires ou homonculi, qui restera en vie ?!