Dans cet ouvrage prenant place dans la France du XVIII ème siècle, nous suivons les aventures de Jean Baptiste Grenouille. Ce batard, né au milieu d’un étal d’une mère qui l’abandonna sur le champ le croyant mort, était l’enfant indésirable de Paris. Après la condamnation à mort de sa mère pour négligence et abandon, ce dernier fut remis à une auspice qui le transféra chez diverses nourrices. Mais ce dernier n’était accepté nul part. Son manque d’odeur rendait ses nourrices méfiantes, craintives, l’associant même au malin. Il est finalement vendu à un jeune âge à un tanneur. Qui l’emploiera bien volontiers car Jean Baptiste Grenouille avait la particularité d’être résistant à toutes les maladies qui emportaient habituellement les employés de ce secteur.
Grenouille avait une autre particularité, plus folle encore, un nez de génie. Capable de sentir toutes les odeurs, même les plus fines, même les plus lointaines. Ces odeurs il les imprimait même dans sa mémoire, créant un véritable « palais des odeurs ».
Ainsi il profitait de son temps libre pour faire une cartographie des odeurs parisiennes, s’éloignant chaque jour un peu plus de son terrain d’origine. Jusqu’au soir où son nez le mena a une enfant, dont l’odeur divine n’avait aucun égal. Pris de folie, il l’étrangla puis la sentit de la tête au pied, pour ne jamais oublier son odeur.
Grenouille qui se contentait de peu, avait tout de même un rêve. Celui de créer le plus grand parfum de tous les temps. Mais pour se faire il savait qu’il devrait quitter son emploi de livreur à la tannerie. Il profita ainsi d’une livraison de peaux après du parfumeur Baldini pour lui demander de le prendre comme apprenti. Ce dernier, usurpateur depuis le début de sa carrière et à deux doigts d’arrêter sa carrière de parfumeur suite à une crise existentielle, mit Grenouille à l’épreuve. Ce dernier créa en une poignée de minutes le plus beau parfum qu’il avait été donné de sentir à Guiseppe Baldini. S’en suivi ainsi une collaboration de 3 ans pendant laquelle Grenouille redora le blason Baldini, en concevant les meilleurs parfums, pommades et autres cremes pour les familles les plus nobles, dont le Roi. Il profita également de ces annees pour ameliorer sa technique, afin d’un jour, de réaliser le plus grand parfum. Apres 3 ans Baldini accorde finalement le statut d’apprenti tanneur à Grenouille et le laisse partir, lui qui desirait se rendre à Grasse pour utiliser des techniques plus sophistiquées. Alors que ce dernier prend la route d’Orléan, la maison de Baldini s’écroule dans la seine, avant même qu’il ne puisse profiter de sa nouvelle notoriété.
Plus le voyage de Grenouille progresse, plus ce dernier est répugné par les autres humaines. Plus il s’enfonce dans les terres, plus son nez devient sensible. Il décide ainsi d’eviter les grands axes, les villes et villages et meme de ne voyager que de nuit, pour éviter les hommes. Ce dégoût des odeurs fortes trouve son point culminant lorsque l’apprenti tanneur décide de se refugier dans le lieu de plus isolé de France, lieu dans lequel aucune odeur humaine ne peut être sentie. Même par un nez aussi sensible que le nez de Grenouille. Ce lieu est le Plomb du Cantal, un volcan d’Auvergne dans lequel il passera 7 ans, reclus dans une grotte, ne voyageant que dans ses pensées à travers son royaume fictif duquel il est le roi des senteurs. Mais un jour, en rêvant de son odeur, il se rend compte qu’il n’en a pas. Cette pensée le hante et le fait sortir de sa grotte.
Son etat étant déplorable, il est rapidement repéré par des villageois et recueilli par le marquis de Taillade Espinasse. Ce dernier, habitant Montpellier, veut utiliser Grenouille pour prouver une de ses théories scientifiques selon laquel la terre est néfaste pour l’humain. Durant son séjour dans la ville il est amené à créer un parfum qu’il lui permet pour la première fois d’exister aux yeux des autres. C’est décidé, il se créerait une odeur qui lui offrirait le coeur des hommes.
Pour se faire il prend la direction de Grasse où il commence à travailler comme compagnon. Il apprend de nouvelles techniques comme l’enfleurage et fait des expérimentations lui permettant de capter l’odeur d’êtres vivants.