Dans un monde post-apocalyptique, à une époque indéterminée4, les êtres humains sont obligés de vivre dans un immense bunker souterrain pour se protéger des conditions de vie mortelles qui règnent à la surface de la planète. Autour d'un immense escalier, et sur 144 étages, une hiérarchie sociale s'est mise en place, les classes dominantes sont les plus près de la surface, les ouvriers sont profondément enterrés, faisant tourner les machines. Le shérif, dont la femme est morte pour avoir demandé à sortir malgré le tabou et l'interdiction liés à cette idée, décide de mener son enquête sur les raisons qui l'ont poussée à faire ce choix. Il sera rapidement convaincu qu'un complot est à l’œuvre, cachant la vérité au peuple du silo.
Holston, le shérif du Silo, décide d'aller à l'extérieur trois ans après que sa femme Allison l'ait fait, croyant que le monde extérieur était vivable. Il découvre que la réalité est masquée par une image générée par ordinateur dans son casque et meurt près du corps de sa femme.
Après la mort d'Holston, le maire Jahns et son adjoint Marnes partent interviewer Juliette, leur candidate favorite pour le poste de shérif, dans la zone Mécanique au plus bas niveau du Silo.
Bernard, le chef du département IT, s'oppose à la nomination de Juliette et préfère son propre candidat.
Juliette accepte le poste de shérif à condition de pouvoir effectuer une maintenance mécanique nécessitant une coupure de courant.
Bernard, furieux de la nomination de Juliette et de la coupure de courant, empoisonne la gourde de Marnes, causant la mort de Jahns lors de leur retour.
Bernard devient maire et remplace Juliette par Peter Billings comme shérif. Il forme Lukas pour lui succéder et lui révèle que le département IT détient le vrai pouvoir dans le Silo, ainsi que des connaissances cachées du monde ancien. Cependant, Billings s'avère difficile à contrôler et Lukas ne souhaite pas poursuivre l'agenda de Bernard.
Bernard condamne Juliette à un nettoyage, mais elle survit grâce à une combinaison de protection de qualité. Elle découvre que son casque la trompe et devient la première à s'éloigner du champ de vision des capteurs.
Juliette trouve l'entrée du Silo 17, où elle rencontre Solo, le dernier survivant d'une rébellion. Il lui révèle l'existence de nombreux autres Silos et lui montre comment communiquer avec eux. Juliette établit une relation avec Lukas et apprend que le personnel mécanique du Silo 18 s'est rebellé contre Bernard.
Lorsque Bernard tente d'envoyer Lukas nettoyer, Billings l'enferme dans le sas à sa place. Bernard révèle que son but était de protéger le Silo 18 des rébellions pour éviter l'extermination par le Silo 1. Billngs le condamne néanmoins pour ses crimes.
Juliette, pensant sauver Lukas, tente de secourir Bernard, qui refuse son aide et meurt. Lukas prend le contrôle d'IT, et Juliette, après sa convalescence, est élue maire du Silo 18.
