En 1858, dans le quartier juif de Bologne, les soldats du pape viennent, sur ordre de l'Inquisiteur de Bologne Pier Feletti, s'emparer d'un fils de la famille Mortara, Edgardo, qui a près de sept ans. Bologne fait à l'époque partie des États pontificaux.
Une ancienne femme de chambre de la famille, Anna Morisi, a confié avoir ondoyé en secret l'enfant, malade et au seuil de la mort alors qu'il n'avait que six mois, parce qu'elle craignait qu'il reste dans les limbes éternellement. Le Code de droit canonique impose que, puisque baptisé, Edgardo reçoive une éducation catholique.
Ses parents se battent pour le revoir, soutenus par une opinion publique de plus en opposée au pouvoir temporel de l'Église. Mais le pape Pie IX refuse le retour de l'enfant vers ses parents, invoquant le non possumus. Au cours des années suivantes, Edgardo grandit dans la foi catholique.
Mais l'unification italienne progresse, réduisant les pouvoirs temporels de la papauté. En 1860, Bologne devient italienne. Pier Feletti est arrêté et jugé pour l'enlèvement du petit Edgardo, mais finalement acquitté pour n'avoir fait qu'obéir aux ordres de son supérieur, le pape. Il faut attendre 1870 pour que Rome devienne enfin italienne.
Edgardo, alors jeune adulte, est devenu un catholique convaincu, qui souhaite être ordonné prêtre. Il refuse de rejoindre sa famille. Il ira néanmoins plusieurs années plus tard voir sa mère sur son lit de mort, et veut en profiter pour la baptiser, mais la mourante refuse et récite le Chema Israël.